Joy-Con контролерите може да бъдат използвани като самостоятелни контролери с аналогов стик, пълен набор от бутони и вграден сензор за засичане на движение и HD вибрация. Те могат да бъдат поставени в специалната Joy-Con ръкохватка и използвани като традиционен контролер с лява и дясна част или да бъдат споделени между двама играча за светкавичен мултиплейър пред телевизора или в движение.

Левият Joy-Con е снабден с бутон за с кепчър бутон, който при натискане мигновено улавя геймплей скрийншот от дадената игра, който да споделиш с твоите приятели в социалните мрежи. Десният Joy-Con от своя страна разполага с NFC зона, която да позволи интеракцията с Amiibo фигурите на Nintendo, както и IR камера, която да засече разстоянието, формата и движението на предмети в някои специално предвидени за целта игри.