Сюжетната линия на играта проследява премеждията на Дезмънд Майлс – барман, но наследник на асасините. Асасините са организация, която се бори за запазването на свободната воля на хората и отстраняването на тиранични и корумпирани лидери. Техни заклети врагове са тамплиерите, които искат да спасят човечеството, но чрез упражняване на контрол.