Ерата на аугментираните започна толкова обещаващо... До Deus Еx: Human Revolution, в който не настъпи Инцидентът! Механично подсилените хора загубиха контрол над съзнанието и тялото си. Резултатът са 15 милиона мъртви, още повече - ранени. И в основата на всичко това, стоят няколко богати опортюниста , погълнати от интриги, тайни и манията си за контрол.
Днес, омразата срещу аугментираните ескалира повече от всякога. Безмерна жестокост се е нанесла в твоя град.
Нещо голямо се задава. Твоята работа е да го унищожиш още в зародиш.
За да ти е трудно, враговете са постоянно една крачка пред теб. Разполагат с безкрайна власт, неограничен запас от пари, връзки и абсолютно никаква съвест. Те създадоха Adam Jansen и от теб ще зависи да направиш всичко възможно, за да бъдат спрени. Както и в другите игри, всяко взето решение оказва влияние върху развоя на събитията. Използвай всичко, с което разполагаш, за да потигнеш целта си. Няма правила!